全新正版图书 生物信息学 樊龙江 浙江大学出版社 9787308171472 蔚蓝书店 snb txt 网盘 pdf kindle 2025 lit 下载

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绪论 

第一节 生物信息与生物信息学 

一、迅速增长的生物信息 

二、生物信息学的概念 

第二节 生物信息学简史与展望 

一、生物信息学发展简史 

二、生物信息学技术的应用 

三、生物信息学学科展望 

第三节 本书的组织与使用 

*第一篇 生物信息学基础 

第1-1章 生物信息类型及其产生途径 

第一节 生物信息的类型 

第二节 DNA测序技术 

一、第一代测序技术 

二、第二代测序技术 

三、第三代测序技术 

第三节 高通量测序技术的应用 

一、DNA／RNA相关测序 

二、蛋白质一DNA／RNA互作测序 

三、甲基化／宏基因组测序 

第四节 蛋白质序列及其结构测定 

一、蛋白质序列与蛋白质互作测定 

二、蛋白质结构测定 

第1-2章 分子数据库 

第一节 分子数据库概述 

一、分子数据库概念 

二、数据库记录格式 

三、数据库冗余、序列递交和检索 

第二节 核苷酸及其相关数据库 

一、DNA／RNA序列数据库 

二、基因组数据库 

三、非编码RNA数据库 

第三节 蛋白质及其相关数据库 

第四节 代谢途径等专业数据库 

一、代谢途径数据库 

二、代谢组学数据库和表型数据库 

第1-3章 两条序列联配算法及序列搜索 

第一节 序列联配基本概念 

第二节计分矩阵 

一、计分矩阵的一般原理 

二、氨基酸替换矩阵 

三、位置特异性计分矩阵(PSSM) 

第三节 两条序列联配算法 

一、Needleman-Wunsch算法 

二、Smith-WaterTnan算法 

第四节 BLAST算法及数据库搜索 

一、BLAST算法 

二、利用BLAST行数据库序列搜索 

三、序列相似性的统计推断 

第1-4章 多条序列联配算能域分析 

第一节 多序列联配概念及其算法 

一、多序列联配概念 

二、多序列全局联配算法 

三、多序列局部联配算法 

第二节 蛋白质能域分析与模型 

能域概念 

能域模型 

第三节 熵与信息量 

一、不确定量 

二、信息熵的应用 

第1-5章 基因预能注释 

第一节 基因组序列构成与基因预测 

一、基因组序列的基本构成 

二、基因预测及其基本方法 

…… 

第1-6章 系统发生树构建 

第1-7章 蛋白质结构预测与设计 

第1-8章 生物信息学计算机基础 

*第二篇 高通量测序数据分析 

第2-1章 基因组拼接与分析 

第2-2章 基因组变异与分析 

第2-3章 转录组分析 

第2-4章 非编码RNA分析 

第2-5章 甲基化与组蛋白修饰分析 

第2-6章 宏基因组分析 

第2-7章 蛋白质组分析 

*第三篇 生物信息学外延与交sp;

第3一1章 系统生物学 

第3-2章 群体遗传学 

第3-3章 数量遗传学 

第3-4章 合成生物学 

*第四篇 生物信息学资源与实践 

第4-1章 生物信息学常用代码和关键词 

第4-2章 生物信息学数据库和在线分析工具 

第4-3章 生物信息学实验 

第4-4章 生物信息学常用英文术语及释义 

参考文献

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　　《生物信息学》：

　　自开始接触生物信息学以来，一晃二十年了。我是在攻读博士学位期间开始注意并学信息学的。我的博士生导师胡秉民为应用数学专业教授，主要从事生态系统模型模拟研究。虽然已具备一定数量统计和数量遗传学基础，但当时对于生物信息学，我还是陌生的，通过自学才开始一点点了解这门新兴学科。２００１—２００３ 年间，理论物理研究所郝柏林院士在浙江大学开设“生物信息学”研究生课程，我作为他的助教，系统地学物信息学；同时，在他的带领下从事水稻基因组分析。自那时起，浙江大学生物信息学学科和相应研究机构也逐步建立起来，如，２００１ 年浙江大学成立生物信息学研究所，朱军和杨焕明任所长；２００３ 年浙江大学建立ＩＢＭ 生物计算联合实验室等。２００４ 年郝院士离开杭州加入复旦大学，生物信息学研究生课程就由朱军教授和我承担下来。现在该课程作为浙江大学全校研究生公共课程，已成为一门建设课程，每年选课人数都在１５０ 人左右。

　　２０ 世纪末，我国生物信息学还处于起步阶段，学很少。学生时常索要学，于是我整理了备课笔记，取名《生物信息学札记》，于２００１ 年６ 月上传到实验室主页上供学生参考。随着生物信息学的发展，分别于２００５ 年３ 月和２０１０ 年１ 月更新札记两次。由于网络传播的作用，许多生物信息学初学者都读过该札记，在国内产生了一定的影响。本书是在该札记框架基础上，补充大量新材料编写而成的。

　　生物信息学学科内容涵盖广且发展很快。基于国内外生物信息学相关教材，以及自身对生物信息学的粗浅理解，我把生物信息学大致分为四部分（篇） 内容：第一部分即基础篇，为生物信息学的基础知识。这部分内容总体变化不大（与１０～１５ 年前比较），它是生物信息学的核心知识，生物信息学教学最重要的部分，应为必讲内容。第二部分高通量测序数据分析篇，是十年才出现的生物信息学新内容。２００５ 年高通量测序技术突破后，针对该技术产生的序列数据，出现大量生物信息学新算法和新工具。第三部分生物信息学外延与交叉，介绍与生物信息学密切相关的其他生物学学科。生物信息学引入了这些学科的部分核心技术（或反过来被引入），如数量遗传学、群体遗传学和新兴学科合成生物学。第四部分为生物信息学资源与实践篇。生物信息学数据库和软件工具对生物学学科至关重要，所以这部分也是生物信息学重要组成部分。同时，该篇中以实践为目的的生物信息学教学资源是课堂教学的一个很好补充。

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